Programa de conservación del águila perdicera (Hieraaetus fasciatus). Especie incluida en la categoría de “en peligro de extinción”. Se han realizado estudios, actuaciones y otras medidas encaminadas a la recuperación y conservación de la especie en el Parque Natural. Las principales acciones llevadas a cabo han sido: conocimiento de los territorios y el uso que las parejas del Parque Natural hacen de ellos. Fijación de los adultos al territorio mejorando la disponibilidad trófica, disminución de los principales riesgos de amenaza para su conservación, mediante actuaciones cómo la modificación de tendidos eléctricos peligrosos y el control de las molestias durante la época reproductora, mediante señalización y vigilancia en los momentos más delicados.
Programa de conservación del cangrejo autóctono (Austropotamobius pallipes): durante estos años se han realizado repoblaciones en los arroyos, ríos menores, charcas, lagunas y en el propio río Tajo, con cangrejillos procedentes de la astacifactoria situada en Rillo de Gallo.
Programa de conservación de alimoche (Neophron percnopterus): Los censos realizados estos últimos años en el Parque Natural y su entorno confirman que este espacio atesora una de las poblaciones más abundantes y mejor conservadas de alimoche común de Europa occidental. Los principales trabajos realizados han sido: Estudio del uso del hábitat y realización de censos.
Programa de reintroducción de quebrantahuesos (Gypaetus barbatus): En 2019 se ha iniciado un proyecto de reintroducción del quebrantahuesos en los Parques Naturales de la Serranía de Cuenca y Alto Tajo, especie extinta de la fauna castellano-manchega y considerada en peligro de extinción a nivel nacional.
Otras actuaciones sobre fauna han sido: seguimientos de rapaces rupícolas y forestales, estudio sobre aves paseriformes, estudio de las poblaciones de quirópteros, elaboración del Atlas de distribución de los anfibios del PNAT.
Actuaciones sobre flora: desde que se aprobaron los Planes de Recuperación de Delphinium fissum subsp. y sordidum y Atropa baetica, se han realizado diferentes trabajos dirigidos a aumentar el conocimiento de la especie, conservación de sus poblaciones, así como a favorecer la expansión de su área de distribución en sus hábitats potenciales.
También se han realizado ensayos de germinación de otras muchas especies amenazadas, para el refuerzo posterior de poblaciones en campo.
Se ha redactado el Plan Sectorial de Conservación de la Flora Amenazada y Hábitats de Protección Especial del Parque Natural y publicación del libro “Flora amenazada y de interés del Parque Natural del Alto Tajo”.
Actuaciones de protección de elementos geológicos frágiles: Las principales acciones realizadas han sido: Inventario de elementos geológicos relevantes en el Parque Natural, vallado del yacimiento de graptolitos y cerramiento de protección del Dropstone ambos en las proximidades de la localidad de Checa.