Atropa baetica, especie catalogada “en peligro de extinción”, es una de las joyas de la flora del Parque
La topografía conlleva aspectos relativos a la pendiente, la orientación y la altitud. Éstos condicionan el tipo de vegetación y favorecen el desarrollo de microclimas locales. Así en los cañones y hoces, como ocurre en los cortados de Uña-Villalba de la Sierra, se refugian tilares y bosques mixtos exigentes en ambientes húmedos y frescos, microclima creado al resguardo de las paredes calizas jurásicas que lo flanquean.
La proximidad del nivel freático a la superficie favorece la presencia de vegetación higrófila, tanto la asociada a los principales cursos fluviales (alamedas y saucedas), como a las zonas húmedas (lagunas, turberas, prados húmedos y juncales).
La historia geológica ha contribuido significativamente en la riqueza florística de la Serranía de Cuenca, favoreciendo la llegada de especies con diversos orígenes en función de las características climáticas de cada momento. Así pueden encontrarse especies de origen mediterráneo, norteafricano y eurosiberiano. En algunos casos las especies que llegaron quedaron aisladas del resto de sus congéneres, lo cual ha favorecido la aparición de endemismos locales.
Junto con todos los factores enumerados, la acción antrópica ha sido el mayor modelador del paisaje vegetal que actualmente puede observarse en la Serranía de Cuenca. Los pinares han sido favorecidos frente a los bosques de frondosas, y los pastos se han mantenido y extendido gracias a la arraigada tradición ganadera trashumante.
En el PISO SUPERIOR (> 1500 m), dominan los pinares de pino albar (Pinus sylvestris), los cuales enriquecen su cortejo florístico con sabina rastrera en sustratos calcáreos y con brezales en suelos silíceos. El aspecto cromático de estos bosques con connotaciones centroeuropeas se ve enriquecido por la compañía de acebos, tejos, mostajos y robles, aunque las más bellas formaciones son aquellas en las que participan los sabinares rastreros, transformando la superficie del terreno en una auténtica piel de leopardo. En este piso los pastizales tienen una gran relevancia pues constituyen los puertos de verano de ganados trashumantes procedentes de Valencia, Andalucía y La Mancha, así las principales cañadas, vaguadas y valles se mantienen como pastizales tal y como ocurre en el Rincón de Palacios en Zafrilla, el Poyal de Tragacete, el Maíllo, la Alconera, la Cañada del Cubillo, la Casa del Cura en Valdemeca y la Sierra del Agua en Las Majadas.