El alimoche destaca entre las rapaces necrófagas del Parque Natural
En la cúspide de la pirámide trófica aparece la nutria, que ocupa la totalidad de los cauces permanentes y que explota de forma periódica los cauces temporales. Busca refugio en oquedades de las áreas más intrincadas y espesas de la ribera. El área protegida y su entorno constituye el bastión de la especie en la provincia. La nutria supone el freno natural para la expansión de especies exóticas, como el visón americano, desde las provincias colindantes por el este a partir de escapes de granjas, y cuya entrada supondría una grave alteración del ecosistema nativo. No se han detectado graves problemas de conservación para la especie, exceptuando el riesgo de atropello en el entorno de Huélamo, para lo cual se están estudiando soluciones. Otro buen indicador de la salud de los ríos es el musgaño de Cabrera, insectívoro de hábitos semiacuáticos.
Otra especie que supone un bioindicador de primera magnitud en el estado de conservación de los cauces es el mirlo acuático, activo depredador de larvas de macroinvertebrados, las conocidas gusarapas y moscas de agua. Llega a alcanzar densidades de 2 parejas/km de río. El martín pescador nos deleita igualmente con sus destellantes recorridos de arco-iris sobre las aguas, a la par que las tres especies de lavanderas (blanca, cascadeña y boyera –muy rara-) escrutan incansablemente los lechos pedregrosos de ríos y arroyos.
Los ricos sotos ribereños y arbustedas riparias constituyen el hogar ideal para multitud de paseriformes, en su mayoría insectívoros, de melodioso canto, como el mirlo común, la oropéndola, el ruiseñor común, el escribano soteño, la curruca mosquitera, el papamoscas gris, el zarcero común y el chochín, así como el curioso torcecuello.
Los cursos fluviales del Parque son utilizados como guía itineraria en las migraciones de muchas especies en su retorno hacia los lugares septentrionales de cría, destacando especialmente el paso esporádico de águila pescadora y cigüeña negra.