Y, por supuesto, no se puede dejar de lado al elemento moldeador de este espacio: el río Cabriel. La vegetación de ribera asociada a sus márgenes se encuentra limitada debido a dos factores: por un lado el exiguo espacio que queda entre el cauce y los escarpes rocosos, debido al encajamiento del mismo en buena parte de su recorrido por la Reserva; por otro lado, el régimen de desembalse de la presa de Contreras dificulta la fijación del suelo por aporte de los depósitos aluviales que permitirían el asentamiento de las comunidades riparias.
Aún así, en la zona encontramos rodales de álamo blanco (Populus alba), tarayales (Tamarix gallica), y saucedas (Salix eleagnos, Salix atrocinerea, Salix purpurea), y juncales mixtos con diversos tipos de juncos, entre los que destaca la presencia del junco común o churrero (Scirpus holoschoenus). Más próximos a los cursos de agua (tanto al principal como a sus tributarios), podemos encontrar formaciones de carrizo (Phragmites australis) y cañaverales de Arundo donax.
Desde las ramas de estas formaciones riparias, el martín pescador (Alcedo atthis) escudriña en las aguas del río en busca de presas. Junto a él, ruiseñores común y bastardo (Luscinia megarhynchos y Cettia cetti), mirlos acuáticos (Cinclus cinclus) y carriceros (Acrocephalus scirpaceus), dejan oír sus cantos, haciendo de los márgenes del Cabriel su hábitat.
La buena calidad de las aguas del Cabriel permite que en ellas subsistan peces como el blenio (Salaria fluviatilis) que atraviesa una delicada situación en el ámbito peninsular, o que la nutria recorra incansable un río que constituye para ella el único hábitat disponible en el entorno. La rata de agua, y una considerable cantidad de anfibios y reptiles, también se encuentran representados en la zona.