El acónito (Aconitum napellus subsp. castellanum), de la Laguna del Marquesado sólo se ha encontrado en dos localidades de la región.
Llegamos por fin a la laguna, de aguas dulces, frías y transparentes, en la que se han encontrado ciertas especies de zooplancton e invertebrados bentónicos muy poco comunes en España e incluso en el mundo, ya que únicamente pueden vivir en aguas no contaminadas, como es el caso de las de la Laguna del Marquesado.
La trucha común vive en la laguna y se reproduce aguas arriba, en el arroyo del Soto. Se trata de aguas trucheras de alta montaña, estando permitida la pesca en la Laguna desde principios de junio hasta finales de septiembre. También se pueden encontrar carpas, introducidas por el hombre, que están proliferando desde hace unos años y pueden llegar a alterar el equilibrio ecológico de la laguna.
La laguna, el arroyo y sus riberas constituyen un hábitat primordial para la reproducción de los anfibios presentes, como la rana común, ranita de San Antonio, sapo común o sapillo pintojo. En la propia laguna viven culebras de agua, y en el entorno otros reptiles como culebras lisas, lagartos ocelados y lagartijas ibérica y colilarga.
A medida que el sendero asciende, si caminamos en silencio podemos escuchar y observar fácilmente las aves acuáticas: fochas comunes, ánades reales, zampullines chicos, rascones y pollas de agua nidifican en la laguna, y a ellas se suman, en invernada, alguna garza real, cercetas, porrones comunes y cormoranes.
Muchas otras especies de aves viven en la reserva, algunas de ellas amenazadas como el mirlo acuático, el martín pescador, o rapaces como el gavilán, el azor y el águila culebrera.
También habitan en ella numerosos mamíferos, más difíciles de ver, como la nutria y otros mustélidos (tejones, garduñas, comadrejas y turones), zorros, ginetas y gatos monteses. Las especies cinegéticas presentes son aprovechadas por los cotos de caza cercanos, pero únicamente las de caza mayor (ciervos, jabalíes) puesto que la caza menor está prohibida en la reserva natural.